目前，中药超微粉碎机在中药制备中的应用，主要是基于植物中药有效成分多储藏于植物各种细胞组织中，受到细胸壁的阻隔难于被浸出。中药超微粉碎机的作用是使细胞壁破碎，有效成分充分裸露，可直接被浸出。从已有研究结果及使用经验，中药的超细粉碎有如下几个方面的作用。
1.中药超微粉碎机成功的解决了粉碎过程中的温升问题及人为超成的重金属污染问题。传统中药炮制方法中，有制霜及水飞两法，要做到“捣烂如泥”、“研细”和“研磨成糊状”，传统方法均是小量手工操作。在批量加工时，可考虑选用JFC气流超微粉碎，该超微粉碎技术采用净化干燥的压缩空气，压缩空气通过特殊的超音速喷咀向粉碎室高速喷射，该气流携带物料高速运动，使物料与物料之间产生强烈碰撞、磨擦从而达到粉碎1000目以细的目的，进入收集系统。被粉碎的物料上升进入分级室，达到粒度要求的物料通过强制叶轮分级机，未达到粒度要求的颗粒又返回粉碎室继续粉碎。整个生产过程为全封闭连续运转，无粉尘污染，空气最后经除尘过滤后得到净化。
2.中药超微粉碎机提高药物有效成分的溶出速率。在一定温度下，固体药物的的溶出速率与固体的比表面积成正比，比表面职的增大，溶出速率随之增加。中药饮片的超细化显著地提高有效成份的溶出速率。中药中的散剂，谓其“散者散也，去急病用之”。都是取其溶出快，道理是一样的。
3.中药超微粉碎机可以提高产品的均匀度。中药的超细粉化，由于粉粒很小，在中药复方制剂的制备中，可充分混合均匀。一般来说，在中药复方中，贵重或毒性中药含量都较少或很少，诸药之间充分混合均匀龙为重要。
4.就中药超微粉碎机本身而言，能量利用率低下。但若与提取工艺相比较，提取工艺流程较长，一般是水提2次，每次1-2小时，现减压浓缩，喷雾干燥。总体上，水提工艺的耗能、耗水及耗时比超微粉碎工艺多。再者，废水及废渣的排放量水提工艺也比超微粉碎工艺大。在允许超微粉碎人药的情况下，采用超微粉碎工艺比水提取工艺较有优势。诚然，中药超细粉体难于解决的问题是服用剂量始终高于中药提取物。
5.中药超微粉碎机提高有效成份的溶出量 由于超微粉碎机能使中药植物的多种细胞及多种组织被粉碎，有效成份可以充分溶出，比饮片及粗颗粒的溶出量明显增加，因而用药量比传统饮片可有较大幅度降低。中药散剂的使用已说明这一点，有人从40部历代中医药代表性著作中，收集到400多种散剂在对28味常用中药进行研究结果表明，散剂用量为汤剂的1/3——1/5。中药超微粉碎可以较大幅度减少用药量，这对节省贵重及稀少中药有着重要的意义和价值。传统中药有散剂，中药超细粉体或许可说是进一步细化的散剂。因此，中药超微粉碎制剂更容易被传统中医理解和认同。